Zagadnienia dotyczące zakresu uprawnień funkcjonariuszy Służby Wywiadu Wojskowego i Służby Kontrwywiadu Wojskowego są uregulowane w Rozdziale 3 ustawy z dnia 9 czerwca 2006 r. o Służbie Kontrwywiadu Wojskowego oraz Służbie Wywiadu Wojskowego.
Obowiązek przekazywania informacji dotyczy funkcjonariuszy SWW i SKW w sytuacjach, gdy uzyskane przez nich wiadomości wskazują, że dana sprawa mieści się w zakresie działania innych służb. W wypadku uzyskania informacji mogących stanowić podstawy do podejrzenia o popełnienie przestępstwa, lub przestępstwa skarbowego, służby te obowiązane są do przekazania tych wiadomości właściwemu prokuratorowi; co więcej, we wskazanej sytuacji na SWW i SKW ciąży obowiązek zawiadomienia właściwych organów ścigania, (jeżeli to inny organ niż wspomniany wcześniej prokurator).
Obowiązek powyższy może jednakże zostać wyłączony w sytuacji, gdy powzięte informacje dotyczą podejrzenia o popełnieniu przestępstwa szpiegostwa, lub stanowią podstawy do podejrzenia o dokonywanie działań o charakterze terrorystycznym. Możliwość podjęcia decyzji o odstąpieniu od tego obowiązku powstaje wówczas, gdy osoba której dotyczą wspomniane informacje decyduje się na podjęcie tajnej współpracy z SKW, bądź ujawnia wszelkie informacje dotyczące popełnionego czynu – choć należy podkreślić, że nie dotyczy to takich przypadków szpiegostwa, lub działalności o charakterze terrorystycznym, w związku z którymi dana osoba dopuściła się popełnienia, współdziałania, bądź nakłaniania do przestępstwa przeciwko życiu, bądź przestępstwa prowadzącego do ciężkiego uszczerbku na zdrowiu.
W sytuacji podjęcia tajnej współpracy z SKW, wyłączenie powyższe przestaje mieć zastosowanie także gdy sprawca danego czynu nie zaprzestał prowadzenia działalności szpiegowskiej bądź terrorystycznej na szkodę RP; wówczas szef SKW ma obowiązek powiadomić o tym fakcie właściwego prokuratora.
O wyłączeniu obowiązku zawiadomienia właściwych organów decyduje szef SKW; podejmowana przezeń decyzja musi być uzasadniona względami bezpieczeństwa państwa. Odstąpienie od powyższego obowiązku obwarowane jest również koniecznością zasięgnięcia opinii Prokuratora Generalnego, oraz Ministra Koordynatora Służ Specjalnych (jeżeli został on powołany).
W trakcie wykonywania czynności służbowych, funkcjonariusze SKW mają prawo zażądać pomocy od określonych państwowych i samorządowych jednostek i instytucji, w określonych wypadkach mogą też zwracać się o pomoc do jednostek w ustawie niewymienionych. Podczas określonych czynności operacyjnych (doprowadzanie i konwój) funkcjonariusze SKW są uprawnieni do wydawania poleceń nakazujących zachowanie się w określony sposób, jeżeli jest to konieczne ze względów bezpieczeństwa.
Celem realizacji ustawowo określonych zadań Służby Kontrwywiadu Wojskowego służbie tej przyznano prawo do użycia urządzeń zakłócających telekomunikację na danym terenie. Przysługuje im też prawo do stosowania środków przymusu bezpośredniego, zgodnie z treścią ustawyz dnia 24 maja 2013 r. o środkach przymusu bezpośredniego i broni palnej.
Niezwykle istotnym uprawnieniem SKW i SWW jest także prawo do korzystania z wszelkiego rodzaju informacji niejawnych i danych osobowych, jeżeli jest to konieczne dla wykonywania ustawowo powierzonych zadań. Służby te mogą przetwarzać te dane bez wiedzy i zgody osób, których te dane dotyczą.
Służba Wywiadu i Kontrwywiadu Wojskowego podczas wykonywania zadań służbowych mogą także korzystać z pomocy osób niebędących ich funkcjonariuszami; jest to jednakże obwarowane kilkoma wyjątkami. Nie wolno im korzystać z pomocy posłów, senatorów, osób zajmujących kierownicze stanowiska państwowe, oraz osób wykonujących zawody prawnicze, to jest, sędziów, asesorów sądowych, prokuratorów, adwokatów, radców prawnych.
Podczas pełnienia służby funkcjonariuszom SKW i SWW nie mogą być członkami zarządów, rad nadzorczych lub komisji rewizyjnych spółek prawa handlowego i spółdzielni, być członkami zarządów fundacji prowadzących działalność gospodarczą, oraz w ogólności prowadzić działalności gospodarczej na własny rachunek.
Funkcjonariusze SKW i SWW obowiązani są również do składania oświadczeń majątkowych.
