Z uwagi na charakter pełnionych obowiązków, funkcjonariusze Służby Celno – Skarbowej muszą liczyć się z pewnymi ograniczeniami, które nie dotyczą innych grup zawodowych. Należy tu wymienić w szczególności zakaz publicznego uzewnętrzniania swoich przekonań politycznych, oraz brania udziału w strajkach oraz innych rodzajach aktywności mogącej mieć negatywny wpływ na funkcjonowanie struktur Krajowej Administracji Skarbowej.
Ponadto, osoby pracujące w Służbie Celno – Skarbowej nie mogą przynależeć do partii politycznych, oraz w ogólności prowadzić takiego rodzaju działalności, która mogłaby wywoływać uzasadnione podejrzenia o brak obiektywizmu podczas pełnienia służby. Mowa tu między innymi o prowadzeniu przedsiębiorstwa, przynależeniu do spółek prawa handlowego lub posiadaniu w nich udziałów, zajmowaniu stanowisk w różnego rodzaju gospodarczych jednostkach, zajmujących się szeroko rozumianym handlowym obrotem transgranicznym. Pozostałe prace zarobkowe – a więc te nie mieszczące się w zarysowanych powyżej kryteriach – wolno mu wykonywać wyłącznie za zgodą kierownika danej jednostki organizacyjnej.
Funkcjonariusze Służby Celno – Skarbowej podczas wykonywania swoich obowiązków mogą korzystać jedynie z takich urządzeń komunikacyjnych, które zostały w odpowiedni sposób zgłoszone przed podjęciem służby.
Co więcej, każdorazowo przy zamiarze wyjazdu poza granice Polski, funkcjonariusze są zobowiązani do informowania o tym swoich przełożonych – informacja taka, jeżeli pobyt za granicą ma trwać dłużej niż 3 dni, powinna zostać przedłożona na piśmie.
Powszechny dla wszelkiego rodzaju służ mundurowych obowiązek wykonywania poleceń przełożonych podlega jednakże pewnym ograniczeniom. W wypadku, gdy funkcjonariusz poweźmie podejrzenie, że polecenie przełożonego może prowadzić do powstania stanu niezgodności z prawem, lub jest sprzeczne z dobrem społecznym, obowiązek wykonania tego polecenia powstaje dopiero, gdy funkcjonariusz zgłosi swoje zastrzeżenia przełożonemu na piśmie, i gdy otrzyma pisemną odpowiedź podtrzymującą nakaz wykonania polecenia. Jeżeli natomiast w opinii funkcjonariusza wykonanie polecenia mogłoby prowadzić do popełnienia przestępstwa, ma on wręcz obowiązek odmówić jego wykonania.
Należy zaznaczyć, że funkcjonariusze Służby Celno – Skarbowej cieszą się też szerokimi uprawnieniami. Korzystają oni z prawnej ochrony obejmującej wszystkich funkcjonariuszy publicznych w przepisach Kodeksu Karnego. Co więcej, funkcjonariuszom przysługuje prawo do nieodpłatnych posiłków w trakcie pełnienia obowiązków służbowych, lub zwrot kosztów takich posiłków. Zgodnie z treścią przepisów Kodeksu Pracy, funkcjonariuszemają też prawo do corocznego płatnego urlopu, oraz, po odbyciu określonego stażu pracy – 15 i 20 lat – kolejno do dodatkowych 5 i 10 dni płatnego urlopu każdego roku. Za szczególne osiągnięcia w pełnieniu służby funkcjonariuszowi może być przyznany między innymi płatny urlop trwający maksymalnie do 10 dni, lub nagroda pieniężna.
